Годы правления "тишайшего царя" вошли в русскую историю и многими примерами активного государственного реформирования. Принято Соборное уложение - новые основы законодательства России. Проведена, пусть и неуспешно, финансовая реформа.

По распоряжению самодержца были учреждены новые центральные приказы - Монастырский, Малороссийский, Рейтарский, Счетный, Литовский, Хлебный, Тайных дел. Приказ Тайных дел контролировал деятельность всех государственных учреждений, а, кроме того, послов и воевод; ему же подчинялось все хозяйство царской фамилии. Интересно, что приказ занимался организацией поисков полезных ископаемых на всей территории государства. С 1654 года и до конца царствования сына Алексея Михайловича, Федора, Земский собор уже не созывался. Зато достигла расцвета приказная система управления, интенсивно шел процесс его бюрократизации.