Мощи митрополита всея Руси Филиппа II (в миру Федора Степановича Колычева), задушенного по приказу Ивана Грозного, были торжественно доставлены новгородским митрополитом Никоном и боярином Иваном Никитичем Хованским в Москву из Соловецкого монастыря 9 июля 1652 года. Их встречали колокольным звоном и крестным ходом с участием царя и церковных иерархов. Филипп был прославлен для всероссийского почитания как святитель Филипп Московский. Мощи были помещены в Успенском соборе. Царь Алексей Михайлович у раки с мощами святого просил прощения за злодеяния Ивана Грозного.

Кроме мощей святителя, Никон привез в Москву из Соловецкого монастыря некоего Арсения Грека. Посещая монастырь, Никон пришел в восторг от учености Арсения, приказал освободить его из заключения и взял с собой в Москву. На Соловки Арсений был сослан для "исправления веры". Судьба Арсения, которого называли "жидовин грек" за то, что искал "мудрости бесовская от врагов Божиих", удивительна. Учась в иезуитском колледже в Италии, он принял католичество, попав в Константинополь, вернулся в Православие и стал монахом, но вскоре перешел в мусульманство, оказавшись в Молдавии и Валахии, вновь стал православным, а попав в Польшу, перешел в униатство. Из Польши Арсений Грек перебрался в Киев, а оттуда в 1649 году в Москву. Здесь он, выдавая себя за православного, стал учителем риторики, но был разоблачен (после отъезда письмо в Москву прислал иерусалимский патриарх Паисий) и сослан на Соловки. Интересно, что у Арсения была значительная для того времени библиотека, которая после ареста была описана, но возвращена владельцу и была взята им на Соловки. В Москве Никон содействовал тому, чтобы по приезде Арсений Грек возглавил Славяно-греко-латинское училище, находившееся в Московском Кремле, "близ Патриаршего двора".