Избран и поставлен на патриаршество новгородский митрополит Никон (в миру Никита Минин (Минов)). Он стал седьмым патриархом. Шестой патриарх Московский и всея Руси, Иосиф, скончался в апреле.

По преданию, Никон согласился на патриарший престол, при условии, что царь, бояре, освященный собор и все православные дадут торжественный обет перед Богом, что они будут сохранять "евангельские Христовы догматы и правила св. Апостолов и св. Отец, и благочестивых царей законы" и будут слушаться его, Никона, во всем, "яко начальника и пастыря и отца краснейшаго". Власти духовные и бояре поклялись в этом.

Царь поручил седьмому патриарху Московскому и всея Руси Никону проведение церковной реформы, о необходимости которой говорили уже давно, но никак не могли собраться с ее осуществлением. Участие Никона обещало успех предприятию. Это был человек энергичный, волевой и, кроме того, пользовавшийся полным доверием Алексея.

Во время интронизации Никон вынудил царя дать обещание не вмешиваться в дела Церкви. Царь и народ поклялись "послушати его во всем, яко начальника и пастыря и отца краснейшаго". Никон официально именовался великим государем, и царь искал его советов не только в церковных, но и в государственных делах. Полный титул, присвоенный себе Никоном: Божиею милостию великий господин и государь, архиепископ царствующаго града Москвы и всеа великия и малыя и белыя Росии и всеа северныя страны и помориа и многих государств патриарх.