Во время "морового поветрия", чумы, правительство решило увеличить число стражи у Крымского двора до тридцати стрельцов, опасаясь, "как бы и от крымских татар на Москве какова дурна не учинилось". В Москве погибло больше 100 тысяч человек - 80 процентов "черных" (тягловых) слобод на окраинах столицы. Деревни Митино и Уварово полностью вымерли.

Из-за эпидемии чумы была закрыта и более уже не открывалась никогда крупнейшая Мологская ярмарка.

Возвращаясь из Смоленска с войсками, царь Алексей Михайлович из-за разразившейся в Москве эпидемии вынужден был остановиться в Вязьме. С 21 октября 1654 года по 10 февраля 1655 года Вязьма временно стала резиденцией Российского пправительства. Сюда же прибыли патриарх Никон и вся царская семья. В городе был построен деревянный дворец.