Для отпуска лекарств "всякого чина людям" в Москве открывается вторая аптека, из которой снабжали и воинские части. Аптека в Кремле остается только придворной.

В функции Аптекарского приказа входило не только управление и подбор кадров, но и снабжение аптек лекарствами. Аптекарский приказ подбирал заготовителей лекарств, инструктировал их, где, когда и как собирать лечебные травы и каким способом доставлять их в Москву. Поступали лечебные травы в порядке государственной "ягодной повинности". При этом приказ определял, в каких регионах какие травы необходимо собирать.

Источниками получения лечебных трав были аптекарские сады и огороды. В XVII веке аптекарские огороды в Москве были организованы за Мясницкими воротами, в Немецкой слободе за Яузой и других местах. Много лекарственных средств завозилось из-за границы, причем, не только из Англии, но и из других стран Европы и из Персии. Например, известно, что Ф. Я. Милославскому было поручено купить 20 пудов хинной коры из "Кизилбашской земли" (Персии). Кроме того, Аптекарский приказ давал поручения закупать большие партии лекарств иноземным специалистам и купцам. Еще одной функцией Аптекарского приказа было хранение различных научных сочинений. Но прежде всего в приказе были собраны медицинские книги, как переводные, так и многочисленные рукописные лечебники, травники, написанные еще до книгопечатания и излагавшие опыт народной медицины.