В отличие от отца Федор правил самостоятельно, при нем не было первого министра. Посольским приказом вместо первого министра ведали дьяки, а должность канцлера занимал невеликий администратор Дементий Минич Башмаков. Несмотря на борьбу придворных группировок, пытавшихся влиять на царя, Федор вникал во все государственные дела. При Федоре центр тяжести государственных решений переместился в Думу. Ряд реформ правительства Федора было направлено на централизацию власти и укрепление позиций дворянства.

Многое из того, что было подготовлено или начато в краткий период правления Федора Алексеевича, было продолжено в реформах его младшего брата Петра I.