Федор Алексеевич правил страной всего шесть лет. Часть этого времени заняла война с Турцией и Крымским ханством из-за Украины. После сражения под Чигирином в ходе войны с Турцией, согласно указу царя Федора Алексеевича, в Москве появился первый в России военно-временной госпиталь - для лечения ратных раненых, больных всяких чинов людей, которые ранены на. "службе в Чигирине и под Чигирином". А затем началось строительство государственных богаделен для престарелых, обслуживать которые должны были врачи Аптекарского приказа, и приютов для сирот и детей убогих родителей. В приютах вводилось сугубо техническое образование, изучались фортификация, архитектура, геометрия. Федор выступал за открытие в Москве высшего учебного заведения - Славяно-греко-латинской академии, но открылась академия уже после его смерти. Федор Алексеевич стремился реорганизовать армию, заменить дворянское ополчение регулярными войсками - полками нового строя. Дума встретила реформу в штыки, обсуждение сопровождалось бранью и затяжными спорами. Проект реорганизации армии был послан в специально созданные комиссии, где были не только представители центральных учреждений, но и городового дворянства. <br />
Федор Алексеевич утвердил "Привилей Московской Академии" - устав первого русского университета. Скорая смерть царя не позволила воплотить идею создания университета.