Упразднен Приказ тайных дел - личная канцелярия Алексея Михайловича и учреждение, в которое передавались дела из прочих приказов по указу царя. Кроме того, Приказу тайных дел был подчинен Дворцовый приказ.

Некоторые исследователи рассматривают приказ как первую институализированную специальную службу в России. Бояре и думные люди не входили в состав приказа, так как он был учрежден главным образом для наблюдения за их деятельностью.

Подьячие Приказа тайных дел посылались с послами в разные государства и на посольские съезды, а также вместе с воеводами на войну. Они должны были следить за действиями послов и воевод и обо всем доносить государю. Послы поэтому всегда старались подкупать подьячих, чтобы расположить их в свою пользу.

В Приказе тайных дел производились следствия по важнейшим государственным делам, например, по выпуску фальшивой монеты, делу патриарха Никона и тому подобные.

Что интересно, в ведении этого же приказа состояла любимая царская потеха - птицы, кречеты и ястребы с особым штатом для их ловли и обучения, а также голубятни, в которых было более 100 тысяч голубиных гнезд для корма хищных птиц.