Начиная с апреля 1681 года и до кончины в 1682 году, то есть, за последний год своей жизни, царь Федор Алексеевич отдал указы о строительстве 55 сооружений в Москве и Подмосковье, нередко лично внося поправки в первоначальный проект.

Так, например, по чертежам царя Федора Алексеевича началась перестройка Алексеевской церкви. Этот новый, но по-прежнему двупрестольный храм отличался тем, что был разделен на мужскую и женскую самостоятельные "половины" с отдельным для каждого пола входом: Алексеевский храм был для мужчин и Благовещенский - для женщин. В Алексеевской церкви хранилась замечательная икона Св. Алексия, написанная на доске его гроба, и потом пораненная ножом сумасшедшего еретика-кальвиниста.

В неспокойное время в монастыре появилась новая церковь во имя св. Апостола Андрея Первозванного. Ее основали во хвалу святого апостола и в память "умиротворения" страшного стрелецкого бунта, случившегося в Москве в 1682 году. Неспокойно тогда было в столице, и однажды патриарх Иоаким вынес из Успенского собора святыню - десницу св. Андрея, поместил на аналое, прямо на площади отслужил молебен и призвал стрельцов "оставить смуту", обещая им прощение за бунт. Тогда к радости царя и патриарха и к радости самих стрельцов дело кончилось миром и всеобщей благодарностью к святому апостолу - и в память о том чудесном примирении в кремлевской обители основали Андреевскую церковь, как ни странно, редкую для Москвы.