Волнения стрельцов не прекращались и переросли в восстание, в первую очередь, вызванное ростом налогов. Восстание поддержали городские низы и холопы. Вместе с восставшими против правительства выступил князь начальник Стрелецкого приказа Иван Андреевич Хованский. Началась, так называемая хованщина. По Москве распространились слухи, что князь Андрей Хованский замыслил жениться на сестре Софьи, Екатерине, и ее объявить правительницей. Софья с царевичами Иваном и Петром бежала из Москвы в Воздвиженское. Но вскоре Софья сумела вызвать в Воздвиженское начальника Стрелецкого приказа князя Ивана Хованского и его сына Андрея, где оба Хованские были схвачены и казнены. Начальником над стрельцами назначен Федор Леонтьевич Шакловитый.