Бунт в Москве начался 15 мая 1682 года, то есть, чуть более, чем через две недели после выбора царем Петра Алексеевича. Поводом послужил слух, распространенный Александром Милославским и Петром Толстым о том, что, дескать, Нарышкины задавили царевича Ивана. Народное восстание было поддержано стрелецкими полками.
Пытаясь успокоить бунтарей, царица Наталья Кирилловна вышла на Красное крыльцо с Петром и Иваном. Толпа, убедившись, что царевич жив, стихла и начала поддаваться на переговоры. Однако, как говорили современники, в этот решающий момент все дело решило неразумное поведение князя Михаила Юрьевича Долгорукова, помощника своего отца по Стрелецкому приказу и одного из самых ненавистных стрельцам бояр. Князь начал угрожать стрельцам и тем самым вывел толпу из себя.
Началась расправа. Вначале был убит Долгоруков. Затем с Красного крыльца сбросили Артамона Сергеевича Матвеева, а "товарищи внизу приняли его на копья". Афанасий Нарышкин пытался спрятаться в алтаре, но его вытащили оттуда и убили. Порешили и Петра Фомича Нарышкина. Тела убитых волокли через Спасские ворота на Красную площадь, перед ними шли стрельцы и издевательски провозглашали: "Вот боярин Артамон Сергеевич! Вот боярин князь Ромодановский, вот думный едет, дайте дорогу!" Затем стрельцы "притомившись, разошлись по домам".
На следующий день стрельцы снова собрались в Кремле и потребовали брата царицы Ивана Нарышкина, думного дьяка Аверкия Кириллова, "дохтуров Степана жида да Яна". На расправу были выданы все, кроме брата царицы. Всего из перечисленных в списке лиц казнено 13 человек, трое прощены, остальные отправлены в ссылку. Царского лекаря Даниила фон Гадена под пытками заставили признаться в том, что он вместе с Нарышкиными якобы отравил царя Федора Алексеевича.
Когда восьмидесятилетнему начальнику Стрелецкого приказа князю Юрию Долгорукому, усмирителю бунта Стеньки Разина сообщили об убийстве его сына Михаила, он имел неосторожность сказать по адресу стрельцов: "Щуку-то они съели, да зубы остались, недолго им побунтовать, скоро будут висеть на зубцах по стенам Белого и Земляного города". Один из княжеских холопов сообщил об этих словах стрельцам, те ворвались в дом, стащили старика с постели, рассекли на части, бросили тело в навозную кучу и положили соленую щуку.
В тот же день Стрелецкий приказ возглавил князь Иван Андреевич Хованский, а Судный приказ - его сын, Андрей Иванович. Иван Андреевич Хованский, прозванный в народе Таратуй, то есть, пустомеля, происходил из рода Гедиминовичей. Начал службу в царствование Михаила Федоровича Романова и в 1636 году получил чин стольника. Затем был воеводой в Туле, Яблонове, Вязьме, Могилеве, Пскове. Во Пскове он принимал участие в шведской войне и в 1657 году разбил под Гдовом графа Магнуса Делагарди. В 1659 году принял участие в военных действиях против поляков и разбил близ Друи части Воловича. Участвовал в войнах с Османской империей. В 1659 году получил чин боярина и в 1663 году возглавил Ямской приказ. В 1666 году Иван Андреевич был назначен воеводой в Новгород. Сменив здесь Нащокина, Хованский отменил некоторые льготы, введенные Нащокиным, такие как выборный суд, вольная продажа вина и другие. В 1678 году во время войны с турками Иван Андреевич Хованский оберегал от татар южную границу.
В 1680 году он вернулся в Москву, где вскоре ему удалось занять весьма влиятельное положение. В это время происходила борьба за власть между приверженцами Нарышкиных и Милославских.
Период пребывания Ивана Андреевича Хованского во главе Стрелецкого приказа в российской истории назвали "хованщиной". Позднее его обвинили в крайне жестоком обращении с подчиненными и тяге к развратной жизни. Во время войны он не умел соразмерять свои силы с силами неприятеля и часто терпел поражения. Кроме того, он считался приверженцем старой веры.
Иноземный, Рейтарский и Пушкарский приказы взял под свое управление боярин Иван Михайлович Милославский. В эти дни восставшие прекратили в Москве продажу спиртного; схваченных с поличным грабителей казнили на Красной площади. Представители стрельцов вошли в состав приказов и Боярской думы. Взяты под контроль сборщики налогов, передававшие свои сборы купцам под проценты.
.