В бунте приняли участие стрельцы и солдаты московского гарнизона и малая часть столичного населения.

Движущей силой восстания, несомненно, были стрельцы, расквартированные в Москве. Вообще, в государстве насчитывалось 55 тысяч стрельцов, в Москве - 22,5 тысячи. В апреле-мае 1682 года в столице находилось 19 стрелецких полков численностью 14198 человек.

Правительство Софьи, изначально опираясь на военную силу, стало заложником стрелецких требований. Стрелецкие полки грозили окончательно выйти из повиновения. У них появилась собственная идейная программа, заключавшаяся в восстановлении старой веры. Среди стрельцов было немало приверженцев духовного вождя раскола протопопа Аввакума, который был казнен в апреле в Пустозерске. А в том, что через две недели после казни умер царь Федор Алексеевич, раскольники узрели явный знак Божьего гнева. К расколу принадлежал один из руководителей стрелецкого бунта Алексей Юдин.

Поборником старой веры считался и князь Хованский, чье имя дало название всему движению.

Князь Иван Андреевич Хованский по прозвищу Таратуй, принадлежал к роду Гедиминовичей, которые по своей знатности спорили с Рюриковичами. В майские дни он был одним из сторонников царевны Софьи, поднимавших стрельцов на бунт. В награду он был сделан начальником ("судьей") Стрелецкого приказа. Но, получив командование над "надворной пехотой", Хованский начал претендовать на самостоятельную роль. Стрельцы поклялись стоять за старую веру. Выборные от полков потребовали устроить прения о вере и выставили против сторонников реформ Никона нескольких расколоучителей во главе с суздальским священником Никитой Пустосвятом.

Религиозный диспут состоялся 5 июля в Грановитой палате. Раскольников сопровождала целая толпа, одобрявшая их изможденный вид: "Не толсты брюха-то у них, не как у нынешних Нового завета учителей!"

Сам диспут ничего не решил, каждая из сторон - патриарх с синклитом и раскольники - осталась при своих убеждениях. А после того, как по указу Софьи выборных от стрелецких полков щедро угостили вином, они отступились от старой веры. Как писал позднее историк Сергей Михайлович Соловьев, "рядовые стрельцы побуянили, но не могли устоять перед царским погребом, когда выставили на десять человек по ушату: принели заручные, что вперед не будут вступаться за старую веру, а раскольников начали бить, крича: "Вы, бунтовщики, возмутили всем царством!" Те бросились бежать, куда кто мог: отцов перехватали; Никите, как самому дерзкому заводчику смуты и нарушителю своего обещания, отсекли голову. ".

После неудачи с возвращением к старой вере князю Андрею Ивановичу Хованскому все сложнее было играть роль посредника между правительством и стрельцами. Сам богатый и знатный боярин, он выступал заступником стрельцов перед "кровопийцами-боярами", а бояр уверял, что потакает стрельцам ради общего спокойствия. "Когда меня не станет, то в Москве будут ходить по колена в крови", - говорил он. Но Софья и ее окружение уже не верили князю. По городу все активнее ходили слухи, что во время крестного хода стрельцы задумали лишить жизни царей и цариц и выкликнуть на царство своего кумира. Справедливы были эти подозрения или нет, но в августе вся царская семья покинула Москву и разместилась в селе Воздвиженском.

Князь Хованский был в растерянности, не зная, что предпринять. Он не хотел окончательно разрывать с правительством, и когда пришел царский указ всем думным людям прибыть в Воздвиженское, повиновался указу и покинул Москву.

В столице его карету постоянно окружала полусотня стрельцов и еще сотня караулила дом, на за пределами города он оказался совершенно беззащитен, чем не преминули воспользоваться сторонники Софьи. 17 сентября князь был схвачен у села Пушкино и доставлен в Воздвиженское. К царевне князя не допустили, у околицы села зачитали Хованскому обвинительную сказку и тут же у Московской дороги "вершили" - казнили вместе с сыном.

Оставшись без предводителя, стрельцы окончательно растерялись, тем более, что по распоряжению правительницы к Троицкому монастырю начало подтягиваться дворянское ополчение из уездов. Видя, что силы правительницы увеличиваются с каждым днем, стрельцы решили принести повинную. К Троице отправились выборные от полков, впрочем, некоторые из них в страхе бежали назад с полдороги. Остальные, представ перед царевной, слезно молили ее о прощении.