По вызову Петра в Троице-Сергиев монастырь прибывали один за другим командиры солдатских и стрелецких полков с подчиненными им солдатами и стрельцами. Там стрелецкие начальники сообщили царю о тайных совещаниях, созванных Шакловитым, о его попытке совершить дворцовый переворот. Последовало требование, настойчиво трижды повторенное, выдать Шакловитого.

В Троице-Сергиев монастырь прибыли все служилые иностранные офицеры во главе с генералом Гордоном. Перед этим, конечно, посоветовались с послами и резидентами. Это уже выглядело как признание Европой царем Петра.

Стрельцы заставили Софью выдать начальника Стрелецкого приказа Федора Шакловитого.

Главные сообщники Софьи - начальник Стрелецкого приказа Федор Шакловитый, стрелец Абросим Петров и стрелец Кузьма Чермный - были казнены. Пятисотенного Муромцева, полковника Рязанцева и стрельца Лаврентьева били кнутом, отрезали им языки и сослали в Сибирь. Третий близкий к Софье человек, Сильвестр Медведев, бежал к польской границе, но его схватили и отправили в Троице-Сергиев монастырь, там его расстригли, пытали и казнили.