Митрополит Кирилл III умер в Переяславле-Залесском, во время объезда северных епархий.
Тело его было перевезено во Владимир. Несмотря на то, что митрополит Кирилл избрал для своего митрополичьего престола Владимир-на-Клязьме, он был погребен в Киеве в кафедральном соборе Святой Софии.
Это был последний общерусский митрополит, погребенный в Киеве.
Своей неутомимой деятельностью, направленной на благоустройство русского общества в одну из самых тяжелых эпох его истории, он заслужил глубокое уважение современников. М. Н. Карамзин считал, что едва ли какой другой митрополит превосходил Кирилла пастырскими добродетелями.
.