На Соборе русских архиереев было принято решение самим выбрать митрополита. Поскольку Константинополь принял унию, сношения Русской церкви с ним прекратились.

Собор поставил митрополитом Рязанского епископа Иону.

Он был первым главой Русской церкви, поставленным без санкции Константинополя. С этого момента Русская церковь de facto становится автокефальной, то есть, самоуправляемой, ее каноническая зависимость от Константинополя упраздняется, а митрополия становится Москоской. Местом пребывания он избрал Москву, поэтому именуется также митрополитом Московским. Так прекратилась зависимость Русской церкви от Константинополя, что положило начало своей автокефалии, то есть, самостоятельности Русской православной церкви. Московские власти ожидали бурной реакции из Константинополя, вплоть до отлучения от церкви, но ее не последовало. Автокефальность (независимость) позволила главам Русской православной церкви вскоре присвоить себе звание патриарха, а московским князьям - звание царей.

Начало автокефалии было ознаменовано посланием, извещавшим об официальном посвящении Ионы в митрополиты. Иона заклинал всех, кто еще не перешел на сторону Василия II, бить челом восстановленному великому князю, под угрозой церковного отлучения.