О том, что папа римский Каллист III рукоположил в Риме митрополита Киевского Григория (Болгарина), ученика Исидоров, в митрополиты на Русь, Москве дали знать немедленно. И еще до прихода Григория в Литву великий князь Василий послал сказать королю Казимиру, чтобы тот не принимал митрополита из Рима, не нарушал старины. "Старина же наша, - писал Василий, - которая ведется со времен прародителя нашего Владимира, крестившего Русскую землю, состоит в том, что выбор митрополита принадлежал всегда нашим прародителям, великим князьям русским, и теперь принадлежит нам, а не великим князьям литовским; кто будет нам люб, тот и будет у нас на всей Руси, а от Рима митрополиту у нас не бывать, такой мне по надобен; и ты, брат, ни под каким видом не принимай его, еси же примешь, то ты церковь божию разделишь, а не мы".

Иона послал от своего имени окружное послание к литовским епископам в том же смысле, писал и отдельно епископам Черниговскому и Смоленскому, увещевая не принимать Григория, в случае принуждения приглашал их в Москву как в безопасное убежище от латинских насилий; в противном случае грозил великою тягостию церковною; наконец, писал и всему остальному православному народонаселению литовско-русских областей; обещался посетить свою литовскую паству, как только получит облегчение от болезни, увещевал не принимать Григория, не слушать его учения, которое подобно Македониеву, страдать за православие даже и до смерти, потому что таким страдальцам готов венец мученический.

Но все эти меры остались тщетными: Казимир не мог не принять митрополита из Рима. Он даже присылал уговаривать и великого князя Василия признать Григория общим митрополитом по той причине, что Иона уже устарел. Московский князь, разумеется, не согласился, и митрополия Русская разделилась окончательно.

Иона не надолго пережил это печальное для него событие: он умер в 1461 году, назначив себе преемником Феодосия, архиепископа Ростовского, который и был поставлен, по новому обычаю, в Москве собором северных русских владык.