После событий под Алексиным, где был дан отпор Ахмат-хану, великий князь занялся реформой армии. Начался переход от феодальных ополчений к общерусской армии.

Основу армии теперь составляли "государевы служилые люди", дворянская поместная конница, объединенная в полки под командованием великокняжеских воевод. Все назначения тщательно фиксировались в разрядных книгах, там же указывались цели похода. Дворянская конница имела хорошее защитное вооружение, "дощатые брони", удобные для рукопашного боя сабли, даже легкое огнестрельное оружие - "ручницы". Появились новые для Средневековья военные формирования - отряды "огненных стрельцов", или "пищальников", и "наряд", артиллерия. "Пищальники" набирались из горожан и тоже ставились под командование великокняжеских воевод. Пехоты, вооруженной ручным огнестрельным оружием, было уже достаточно. Например, Новгород и Псков обязаны были выставлять по приказу великого князя по одной тысяче "пищальников". Из сельского населения в пехоту набиралась "посошная рать". Была разработана четкая система сбора ратных людей. Неизмеримо усложнилась вся военная организация. В этих условиях непосредственное ведение военных действий возлагалось на великокняжеских воевод, которые практически воплощали стратегические и тактические планы, разработанные великим князем Иваном III и его военными советниками.

"Большим воеводам" перед походом вручался "наказ", подробная инструкция, где поименно перечислялись полковые воеводы, указывалось, где и как поставить полки, как организовать их взаимодействие, как поступить в той или иной конкретной ситуации.