После смерти последнего из внуков Дмитрия Донского - князя Михаила Верейско-Белозерского его удел присоединен к Москве. Белозерское княжество стало Белозерским уездом Московского государства.

Возникновение Белозерска в IX веке и его расцвет в XI-XIII веках в значительной мере связаны с его местоположением у истоков Шексны, являвшейся важной речной магистралью. Река соединяла этот район с Новгородской и Двинской землями, с Поволжьем. Белоозеро не раз переходило из рук в руки завистливых на чужое добро соседних удельных князей и подвергалось грабительским набегам иноземных захватчиков. Все это привело город к запустению. В XIV веке после страшной моровой язвы он почти совсем исчез с лица земли. Оставшиеся в живых жители переселились на новое место, туда, где находится современный Белозерск. На южном берегу обширного "кормного" озера они вновь нашли приют и пропитание. Тут в воде в изобилии водилась рыба, а в окрестных лесах - множество зверья всякого, грибов, ягод, меду.