Троице-Сергиев монастырь стал обноситься мощной каменной стеной с 11 башнями. Линия укреплений, опосаявшая территорию монастыря, достигала около полутора километров. Дополнительными препятствиями для наступавшего на крепость неприятеля должны были послужить ров и пруд, а также окружавшие обитель овраги. Иван Грозный лично приезжал проконтролировать строительство.

Отношения Ивана IV с Троице-Сергиевым монастырем были достаточно сложными и противоречивыми, как и его отношения, вообще, с Церковью. В то же время Иван Грозный часто посещал Троице-Сергиев монастырь, делал многочисленные ценные вклады, при нем троицкие игумены получили титул архимандритов - "первейших среди всех монастырей".