Неоднократное пребывание Ивана Васильевича Грозного в Вологде - а он был там в 1565, 1566, 1568-1571 годах, - закладка каменных городских стен, соединение речек Содемки и Шограша  с рекой Вологдой посредством перекопа (рва) и, наконец, возведение каменного соборного храма во имя Успения Богородицы по образцу московского Успенского собора, именование его Софийским (по примеру древних киевского и новгородского соборов) - все это подтверждало наличие у царя относительно Вологды перспективных планов. Есть версия, что он хотел перенести туда столицу государства. В Вологду того времени привозят 300 пушек, отлитых на московском Пушечном дворе, а в гарнизоне крепости кроме дворян находится 500 стрельцов. В работах участвуют выписанные из Англии специалисты.

С 1560-х годов Вологда стала одним из крупнейших городов Московского государства как по числу дворов (свыше 1500 дворов), так и по объему торгового оборота.

Ивану Грозному Вологда многим обязана - и даже планировкой центра, во многом сохранившейся до наших дней. Желая создать свою столицу на Севере Руси, подальше от ненавистных бояр, грозный царь резко изменил облик довольно скромного до того города.

Период частого посещения Ивангм Васильевичем Вологды окутан тайнами и легендами - вроде той, что повествует о кирпиче, упавшем на главу самодержца из свода строящегося Софийского собора. А легенда о библиотеке Ивана IV - таинственной Либерии, которую никак не могут найти нигде, - до сих пор побуждает кладоискателей на новые поиски.