Константинопольский патриарх Иеремия приехал в Москву "за милостыней" и был принят в Кремле. Борис Годунов потребовал, чтобы он возвел его друга, митрополита Московского Иова, в сан патриарха. Иеремия долго не соглашался и полгода жил в Кремле фактически пленником, пока не уступил нажиму Годунова.

После постановления в Москве патриарха Иова Иеремии, наконец, разрешили выехать из Москвы. Иеремия был снабжен грамотою царя к султану, в которой Федор писал: "Ты б, брат наш Мурат салтан, патриарха Иеремию держал в своей области и беречь велел пашам своим так же, как ваши прародители патриархов держали в береженье, по старине во всем; ты б это сделал для нас". А в Смоленске Иеремия получил грамоту от Годунова, в которой правитель просил его проведать в Литве о тамошних делах: "О Максимилиане, где он теперь и каким обычаем живет? В Польской ли земле, или отпущен? И как отпущен, по какому договору? Укрепился ли королевич шведский на польской короне и на какой мере утвердился, какое его вперед умышленье о нашем государе? Проведав об этом, отписал бы ты ко мне тайно, не объявляя своего святительского имени ни в чем; а когда будешь в Цареграде, то отпиши о всех тамошних делах".