Расследование смерти царевича Дмитрия 15 мая 1591 года в Угличе и заключение, сделанное комиссией, не ответили на многие вопросы, связанные с роковым событием, и, мало того, породили много новых. Начиная с того, как же можно было ребенку, и не просто ребенку, а наследнику, подверженному эпилетическим припадкам, вручить нож и отпустить играть в "тычку" на задний двор. И разве кто-нибудь раньше говорил о склонности царевича к эпилепсии? Почему, когда следственная комиссия вошла в церковь Святого Спаса, где лежало тело убиенного, Андрей Петрович Клешнин, дядька царя Федора Ивановича, единственный знавший царевича в лицо, по словам летописи, остолбенел и потерял дар речи, едва взглянув на убитого? Куда исчез Афанасий Нагой из Углича в день приезда следственной комиссии? Почему в следственном деле, составленном комиссией князя Василия Шуйского по факту гибели царевича Дмитрия, нет показаний Марии Нагой - бывшей царицы, матери убиенного? Почему нет свидетельства врачей? Почему, наконец, тело не осматривали, а сразу отнесли в церковь и выставили охрану? Почему в день гибели царевича Дмитрия, 15 мая 1591 года, произошло еще одно примечательное событие, отчего-то не привлекшее внимания историков: от угличского причала отошло несколько стругов, принадлежавших донским казакам во главе с атаманом Корелой. Ведь именно казачий атаман Андрей Тихонович Корела сыграл важную роль через 12 лет, став вернейшим соратником Лжедмитрия I. Корела был своего рода телохранителем Лжедмитрия. И многие другие вопросы.

Возможно, доля истины в том, что убийство царевича Дмитрия в Угличе 15 мая 1591 года послужило своего рода ключом, с помощью которого завели механизм русской Смуты XVII века, все-таки есть.

Через несколько дней после того, как пришла весть о смерти в Угличе царевича Дмитрия, в Москве вспыхнул пожар. Враги Бориса Годунова распускали слухи, что это он поджег город, чтобы не допустить личной поездки царя Федора в Углич для расследования дела. Сторонники же Бориса обвиняли в поджоге семейство Нагих, родственников погибшего царевича по матери. Чтобы успокоить погорельцев, им было выдано из казны в долг 5 тысяч рублей, причем, срок возврата был "до государева указу". Какие-либо сведения о таком указе отсутствуют, то есть, на практике это было безвозвратное пособие. Подобных случаев в истории еще не было.

Предание гласит, что когда лихой крымский хан задумал идти на Москву, то похвалялся что сожжет, разорит столицу неверных, а московским золотом покроет свои дворцы, молодой царь Федор Иванович опечалился. И вдруг услышал он вещий глас: "Спасет Москву воля Божья, да народная сила, да хитрость и удача". Развел руками Федор Иванович: "Как же мне заручиться волей Божьей? Где же мне взять силу? Как привлечь к себе удачу?" И снова услышал ответ царь свыше: "Чтобы волей заручиться, перед сечью кровавой устрой походную церковь, а в ней должна быть чудотворная икона Донской Божьей матери. Силу ищи в народе, ну а хитрость и удача будет в каурой кобылице. Вели изваять из красного дерева кобылицу и тайком закопать рядом с церковью". Не понял блаженный Федор Иванович последних слов наказа, хотел расспросить, да оробел. Однако наказ исполнил в точности. Во главе русского войска стояли опытные воины - князь Федор Мстиславский и Борис Годунов. На подступах к Москве был выставлен мощный "гуляй-город" (передвижная крепость на колесах, построенная из дубовых бревен).

За "гуляй-городом" установили передвижную церковь, а в ней находилась икона. Не забыл царь Федор и о странном наказе о кобылице. 4 июля крымчаки подошли к Москве. Раз за разом кидались крымчаки в атаку, осыпали стрелами русских воинов. Крепки и неподатливы оказались стены "гуляй-города", метко разящими были русские пушки. Сражение началось утром, и лишь в сумерках ханское войско отступило. На следующий день битва повторилась. Царь Федор во время битвы непрестанно молился. В ночь с 4 на 5 июля царь Федор не ложился спать, а продолжал читать молитвы. Внезапно из стана русских воинов донеслось громкое ржание и крики. Это было знамение. Знак каурой кобылицы.

Царем Федором Ивановичем в благодарность Богу за победу над крымским ханом Казы-Гиреем основан Донской ставропигиальный мужской монастырь. Донской монастырь основан на том месте, где стояла среди воинов Донская икона Божией Матери, написанная Феофаном Греком. Монастырь являлся важным звеном южного оборонительного пояса, который образовали укрепленные монастыри - Симонов, Данилов и другие.