После смерти двухлетней царевны Феодосии Борис Годунов устранил от должности думного дьяка Андрея Яковлевича Шелкалова, руководившего государственным приказным аппаратом и дипломатическим ведомством и ставшего в государстве слишком влиятельной фигурой. Считается, что поводом к тому послужила секретная беседа дьяка с австрийским послом Николаем Варкочем в декабре 1593 года о возведении на московский престол предполагаемого жениха царевны, немецкого принца эрцгерцога Максимилиана. Весьма возможно, что его падение было связано с торговыми привилегиями английских купцов, которым он чинил настолько большие неприятности, что одно время на него жалуется в письме к Борису даже Елизавета, грозя тем, что купцы при таких условиях вынуждены будут навсегда оставить Россию. Отойдя от дел, Щелкалов принял иночество под именем Феодосия и вскоре после этого умер.