Правление Федора II Борисовича пришлось на период смуты, измены и двуличия. Федор II Борисович был первым и единственным московским царем, над которым не был совершен обряд венчания на царство. Судьба его оказалась трагической.
Федор Борисович Годунов родился в 1589 году в Москве в семье Бориса Федоровича Годунова и Марии Григорьевны Бельской. Мария была дочерью Григория Лукьяновича Скуратова-Бельского, известного под именем Малюта Скуратов.
После вступления отца на царский престол в 1598 году Федор Годунов стал царевичем и наследником, а также принял участие в торжественном вступлении отца в столицу.
Мноогие историки сходятся во мнении, что Федор Годунов, всесторонне подготовленный к престолу, образованный и талантливый юноша, заслуживал лучшей судьбы и мог стать одним из выдающихся русских государей. Он был бы достойным продолжателем политики своего отца. Николай Михайлович Карамзин называл Федора Годунова "первым плодом Европейского воспитания в России".
По мере приближения совершеннолетия Федора Борис начал искать для сына невесту (и заодно очередного жениха для дочери) в православной Грузии, в царстве Картли. "Ближний дворянин" Михаил Татищев, отбывший из Москвы в мае 1604 года, имел задание привезти в Москву 10-летнюю царевну Елену, дочь карталинского царя Георгия X, а также убедить Георгия перейти в подданство России. Георгий дал присягу, однако, отпустил в Москву только сына, царевича Хоздроя, предназначенного в женихи Ксении, а Елену оставил у себя до следующего российского посольства. Кроме того, известно, что в 1603 году английская королева Елизавета I предлагала Федору руку 11-летней знатной англичанки, но дело расстроилось из-за скорой смерти Елизаветы I.
Москва присягнула 16-летнему Федору II Годунову 14 апреля 1605 года без волнений, на другой день после смерти Бориса Годунова. Но царствовать ему пришлось всего 7 недель.
Судьба Федора II Борисовича оказалась трагической. Лжедмитрий повел искусную борьбу с целью захвата престола, переманив на свою сторону князя Мстиславского, Петра Басманова, воеводу Федоа Годунова. Пик интриги пришелся на 1 июня 1605 года, когда в Москву прибыли послы самозванца - дворяне Плещеев и Пушкин. Народ поставил посланцев на Лобном месте, и они прочитали всем грамоту царевича. Лжедмитрий припоминал в ней разные утеснения и насилия, причиненные народу Борисом Годуновым, прощал московским людям, что они по незнанию присягали Годуновым, обезал всем милости и приглашал прислать к нему посольство с челобитьем.
Царствование Федора Годунова было самое короткое во всей истории России: 49 дней. И тем более удивительно, что юный монарх успел сделать полезные начинания. Так им был учрежден Каменный приказ, согласно которому упорядочивалось каменное строительство в стране.
Сторонники Лжедмитрия I ворвались в палаты. Федора задушили вместе с матерью Марией. Царевну Ксению Лжедмитрий насилием склонил к сожительству, но спустя время из-за ревности Марии Мнишек сослал несчастную в монастырь. Тогда же схватили всех родственников и сторонников Годуновых, ограбили их дома.
По приказу Лжедмитрия царицу и Федора II Борисовича Годунова захоронили без почестей в Варсонофьевском монастыре. Туда же из Архангельского собора перевезли гроб с телом Бориса Годунова. Голицын и Мосальский объявили народу, что Мария и Федор Годуновы отравили себя ядом.
Однако, при Шуйском они торжественно перезахоронены в Троице-Сергиевском монастыре.
.