Под руководством Федора Годунова была составлена одна из первых русских карт России, и поэтому царевич Федор вошел в историю русской картографии (карты, подготовленные иностранными специалистами, появились еще в XVI веке). Карта Годунова была издана в Амстердаме по рукописям в 1613 году видным картографом того времени Гесселем Герритсом. Лист, отпечатанный Герритсом, включает также врезку с планом Москвы. Мнения историков картографии расходятся относительно того, приписывать ли царевичу также и план столицы.

Карта Федора Годунова составлена не по геодезическим данным и содержит искажения расстояний (например, участок течения Волги от Нижнего Новгорода до Казани растянут вдвое, а участок Киев - Путивль дан в полуторном масштабе; это, по-видимосу, было связано с различной трактовкой в разных регионах единиц измерения, таких как верста). Тем не менее, она явилась большим вкладом в картографию России того времени.