Центром борьбы против Шуйского стал Путивль, куда царь сослал воеводой одного из приспешников самозванца - князя Григория Петровича Шаховского. Известно, что уже в минуту смерти самозванца Григорий Петрович задумал воскресить его и с этой целью унес государственную печать.

По другой версии, государственную печать похитил Михаил Молчанов, который и выдавал себя первоначально за нового "царя Дмитрия". Василий Шуйский за приверженность его к Лжедмитрию сослал князя воеводой в Путивль, наиболее волновавшуюся окраину Московского государства, и теи невольно помог Шаховскому в его замысле. Шаховской немедленно взбунтовал путивльцев, объявил им, что Дмитрий жив и скрывается от своих врагов.

В Путивле появился воевода "царя Дмитрия" - бывший холоп боярина Андрея Андреевича Телятевского Иван Исаевич Болотников. Болотников в молодости бежал к казакам, был пленен татарами и продан в рабство в Турцию на галеры. Бежал из неволи, оказался в Венеции, оттуда отправился в Россию. На территории Речи Посполитой (после гибели Лжедмитрия I) встретился с одним из самозванцев, который выдавал себя за спасшегося царя Дмитрия Ивановича. Попав в Путивль, Болотников, благодаря своим незаурядным качествам и опыту, возглавил поход на Москву.

Из Путивля на Москву двинулись войска Болотникова. По пути Иван Исаевич Болотников рассылал "листы", адресованные холопам и городским низам, с призывом убивать своих господ, "гостей" и всех "торговых людей" и переходить на сторону восставших.