Низложение московского царя Василия Шуйскогно русский историк С. М. Соловьев описывает так: "17 июля пришли они [заговорщики] во дворец большою толпою; первый подступил к царю Захар Ляпунов и стал говорить: "Долго ль за тебя будет литься кровь христианская? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление, сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе как-нибудь промыслим". Шуйский уже привык к подобным сценам; видя пред собою толпу людей незначительных, он думал пристращать их окриком и потому с непристойно-бранными словами отвечал Ляпунову: "Смел ты мне вымолвить это, когда бояре мне ничего такого не говорят", и вынул было нож, чтоб еще больше пристращать мятежников. Но Захара Ляпунова трудно было испугать, брань и угрозы только могли возбудить его к подобному же. Ляпунов был высокий, сильный мужчина; услыхав брань, увидав грозное движение Шуйского, он закричал ему: "Не тронь меня: вот как возьму тебя в руки, так и сомну всего!" Но товарищи Ляпунова не разделяли его горячки: видя, что Шуйский не испугался и не уступает добровольно их требованию, Хомутов и Иван Никитич Салтыков закричали: "Пойдем прочь отсюда!" - и пошли прямо на Лобное место. Тогда Ляпунов, Хомутов и Салтыков закричали, чтоб все шли на просторное место, за Москву-реку, к Серпуховским воротам, туда же должен был отправиться вместе с ними и патриарх. ". Патриарх Гермоген не поддержал заговорщиков, против свержения Шуйского выступила и часть стрельцов. "Во дворец отправился свояк царский, князь Иван Михайлович Воротынский, просить Василия, чтоб оставил государство и взял себе в удел Нижний Новгород. На эту просьбу, объявленную боярином от имени всего московского народа, Василий должен был согласиться и выехал с женою в прежний свой боярский дом".

Захар Петрович Ляпунов с толпой заговорищков ворвались в дом Шуйского и совершили обряд пострижения в монахи. Причем монашеские обеты произносил вместо Шуйского заговорщик князь Василий Тюфякин (по другим источникам, Василий Туренин), а сам Шуйский кричал, что отказывается, и отчаянно сопротивлялся. Кстати, патриарх Гермоген не признал такого насильственного пострижения и назвал монахом князя Тюфякина (Туренина), а не Шуйского. Но, увы, мнение законного патриарха уже не имело значения. Василий Иванович Шуйский был заточен в Чудовом монастыре, а затем передан вместе с братьями полякам.

Жену Шуйского увезли в Вознесенский монастырь и постригли под именем Елены. По другой версии, Марию попытались, как и ее мужа, постричь в монахини, но безуспешно.

Бывший царь Василий Шуйский в качестве пленного был отправлен в Польшу. Вместе с бывшим царем в плен были отправлены братья Шуйского Иван и Дмитрий.