Патриарх Гермоген отправил грамоты, в которых открыто призывал всех православных к вооруженному выступлению против иноверцев, в Нижний Новгород и к тогдашнему руководителю Суздаля Андрею Просовецкому в Суздаль и Владимир.

Поляки поставили стражу на патриаршем дворе, то есть, по сути, взяли Гермогена под домашний арест.

Двор Гермогена был разграблен, сам патриарх арестован, а затем посажен в темницу. Гермоген стал третьим патриархом, оказавшимся в заключении.

Патриархом вновь объявлен Игнатий. После убийства Лжедмитрия в 1606 году Собор иерархов лишил Игнатия не только патриаршего, но и святительского сана, отправив простым монахом в Чудов монастырь. И вот Игнатий был освобожден из монастыря и снова признан патриархом.